タンパク質の内部

タンパク質内部のうち44%はVal, Leu, Ile, Phe(疎水性残基)

タンパク質の充填密度=0.75(有機化合物の結晶並)

(重要)タンパク質の内部には隙間(Cavity)が存在している。


ミオグロビンの結晶構造

赤・・・ミオグロビンの構成原子
緑・・・ヘム基
水色・・・隙間をイメージ化


左図の断面図


隙間(水色)が内部に存在していることが分かる

これらのCavityがタンパク質の動き易さに重要

隙間がないと自由に動けない・・・
ミオグロビンの結晶構造(リボン表示)  

充填密度を反映する熱力学量には体積(部分比容)や柔らかさ(圧縮率)がある。(後述予定)