タンパク質の表面

ある分子の表面の定義は他分子との境界線を表す意味で欠かせない。

分子表面の定義には以下の3つが用いられる。

van der Waals surface
（ファンデルワールス表面）		 タンパク質の構成原子のファンデルワールス半径で描かれる面
Accessible surface
（溶媒接触可表面）
（注：通常は英語で表記。日本語訳は適当）		 溶媒分子とタンパク質分子のファンデルワールス半径を元に
最接近した溶媒分子の中心点が描く曲面
Molecular surface
（分子表面）
（注：同上）		 溶媒分子とタンパク質構成各原子のファンデルワールス半径を元に
得られる溶媒分子の最接近面


以下に書く表面のモデルを示す。
青が分子
赤が表面

○ van der Waals surface


溶媒に依存しない

○ Accessible surface



同じ分子でも溶媒の大きさで表面積は変化する。

○ Molecular surface