体積とは物理化学において重要な量である。
タンパク質の体積は
・溶液外(真空中)での体積
・溶液中での体積
で考える必要がある。
van der Waals volume (ファンデルワールス体積)
タンパク質の構成原子のファンデルワールス半径を元に算出した体積。
参照:タンパク質の表示方法
タンパク質の構成原子のファンデルワールスを加算したもので近似可能。
一般的な概念の体積にあたる。
溶媒分子の大きさや親和性、タンパク質分子内の隙間が反映される体積。
ファンデルワールス体積に比べ、現実的な体積。
・Molecular surface volume (分子表面体積) (注:通常は英語で表記。日本語訳は適当) |
溶媒分子とタンパク質分子のファンデルワールス半径を元に 溶媒分子の最接近面で囲まれる体積。 (溶媒露出表面積(ASA)のページ参照) |
・Accessible surface volume (溶媒接触表面体積) (注:同上) |
溶媒分子とタンパク質分子のファンデルワールス半径を元に 最接近した溶媒分子の中心点が描く曲面で囲まれる体積 (溶媒露出表面積(ASA)のページ参照) |
よく聞く話と思うが、
水50mLとエタノール50mLを混ぜたら何mLになるか?