タンパク質の体積

体積とは物理化学において重要な量である。

タンパク質の体積は
 ・溶液外(真空中)での体積
 ・溶液中での体積
で考える必要がある。

○溶液外(真空中)での体積
van der Waals volume (ファンデルワールス体積)
タンパク質の構成原子のファンデルワールス半径を元に算出した体積。

参照:タンパク質の表示方法

 タンパク質の構成原子のファンデルワールスを加算したもので近似可能。
 一般的な概念の体積にあたる。

○溶液外(真空中)での体積

溶媒分子の大きさや親和性タンパク質分子内の隙間が反映される体積。
ファンデルワールス体積に比べ、現実的な体積。

・Molecular surface volume
(分子表面体積)
(注:通常は英語で表記。日本語訳は適当)
溶媒分子とタンパク質分子のファンデルワールス半径を元に
溶媒分子の最接近面で囲まれる体積。
(溶媒露出表面積(ASA)のページ参照)
・Accessible surface volume
(溶媒接触表面体積)
(注:同上)
溶媒分子とタンパク質分子のファンデルワールス半径を元に
最接近した溶媒分子の中心点が描く曲面で囲まれる体積
(溶媒露出表面積(ASA)のページ参照)











よく聞く話と思うが、
水50mLとエタノール50mLを混ぜたら何mLになるか?