| 典型的な水素結合 | 例 | 構造 | 典型的な距離 (水素を無視した距離) |
| Amide-carbonyl | Gln/Asn - ペプチド鎖 ペプチド鎖 - ペプチド鎖 |
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〜0.29 nm |
| Amide-hydroxyl | ペプチド鎖 - Ser Asn/Gln - Ser |
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〜0.30 nm |
| Amide - imidazole | Asn/Gln - His ペプチド鎖 - His |
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〜0.31 nm |
| Hydroxyl - carbonyl | Ser/Thr/Tyr - ペプチド鎖 Ser - Asn/Gln Thr -Asn/Gln Tyr - Asn/Gln |
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〜0.28 nm |
| Hydroxyl - hydroxyl | Thr, Ser, and Tyr Tyr - Ser |
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〜0.28 nm |
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| Ser | Thr | Tyr | Gln | Asn | His |